Južnim podnožjem teče Krčić, mjestimice usječen poput kanjona. Na svom izlasku u Kninsko polje ruši se Topoljskim bukom, 40 m visokim slapovima koji padaju preko sedrene barijere. Topoljski buk se ubraja među najljepše slapove u našoj zemlji.
Sam Kozjak obiluje sa puno manjih izvora, što je u vrijeme intenzivnog stočarstva bilo od većeg značaja. Najznačajniji izvori su: Križnice, Mijatovac, korita, Injoš, Malakuša, Vodica kao i jezero na vrhu Kozjaka.
Kozjačke vode se uglavnom slijevaju i djelomice jarugama otječu u Cetinu, a dio njih gravitira prema Krčiću i Krki – kao i većina kijevskih oborina. U Kršu, naime, dio oborinskih voda ponire, a ispod oranica obično leži nepropusni sloj bijele gline koji onemogućava takvo poniranje.Rijeka Cetina, čije ime su Hrvati donijeli sa sjevera (usp. Cetynia u Poljskoj!) okosnica je ne samo Cetinske krajine nego i cijele srednje Dalmacije.
Cetina, u antičko doba zvana Flumen hippus izvire iz nekoliko jakih vrela kao što su Glavaš jezero, Kotluša, Nele, Barašovo vrelo, Gavranov Begovac, Vukovića jezero, Milaševo vrelo, Milaševo jezero, Garginta, Preočko vrelo, Vranješ vrelo i dr.
U gornjem i srednjem toku povezuje niz krških polja, od kojih se suha polja nalaze u višim razinama područja Dinare i Svilaje, a mokra krška polja u nižim razinama, uglavnom uz samu rijeku.
U svom neujednačenom i preko 100 km dugačkom hodu prema moru višekratno mijenja smjer do svog ušća u Omišu.
